Masjid Raya Muhajidin diresmikan pertama kali oleh Presiden Soeharto pada tanggal 23 Oktober 1978 (20 Zulkaidah 1398), bertepatan dengan ulang tahun Kota Pontianak ke-207. Arsitektur bangunan inti Masjid mencerminkan khas Kalimantan Barat dan ikon Kota Pontianak sehingga menjadi daya tarik tersendiri sebagai landmark Islami Kota Khatulistiwa. Pada 20 Januari 2015, Mujahiddin selesai direnovasi ulang dan diresmikan kembali oleh Presiden RI Joko Widodo. Masjid yang berdiri di atas lahan 4 hektar ini memiliki luas 60x60 meter dengan dua lantai. Setidanya 9 ribu jamaah bisa ditampung sekaligus di masjid ini. Sedangkan halaman luar bisa menampung sekitar 1.600 mobil.