Masjid Jami' Pontianak berdiri di lahan seluas 6,755m, dengan luas masjid 1.250m. Terletak di sebelah timur Sungai Kapuas Besar, di kelurahan Dalam Bugis, kecamatan Pontianak Timur. Masjid Jami dapat dijangkau dengan menggunakan sampan dari Parit Besar, pelabuhan Seng Hie atau dengan mobil melalui Jembatan Kapuas.